L'hôpital Cognacq-Jay a établi des liens privilégiés avec plusieurs structures de soin, notamment :

- la Fondation Hôpital Saint-Joseph qui réalise les examens de biologie
www.hopital-saint-joseph.fr

- l'Hôpital Necker qui réalise les scanners et IRM
http://hopital-necker.aphp.fr

- la Fondation Hospitalière Sainte-Marie – centre Paris Sud, qui prend en charge en balnéothérapie, des patients de l’hôpital Cognacq-Jay, au cours de leur séjour en rééducation orthopédique.
http://ussif.fr/etablissements-hospitaliers/hopital-sainte-marie-paris/

- l'Hôpital européen Georges Pompidou
http://hopital-georgespompidou.aphp.fr

- les Urgences médicales de Paris, qui peuvent si nécessaire intervenir de nuit
www.ump.fr

- l'Hôpital à domicile (HAD) de la Fondation Croix Saint-Simon, un établissement de santé participant au Service Public hospitalier, qui dispense des soins au domicile des patients.
www.croix-saint-simon.org/lhospitalisation-domicile-de-la-croix-saint-simon


Il existe également des partenariats liés à l'activité spécifique de chaque service, en particulier :

- avec les réseaux de soins à domicile Ensemble et Quiétude, pour le service des soins palliatifs
www.reseau-ensemble.org
www.reseauquietude.org

- avec le Centre national de référence des maladies vasculaires rares, qui a été labellisé en juillet 2006 par le ministère de la Santé afin de développer la filière de soin pour six pathologies vasculaires, dont le lymphœdème primitif des membres.
www.maladiesvasculairesrares.com